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人類補完委員会の招集を受けたゲンドウは、本部に使徒が侵入したことを否定する。ネルフ本部では、パイロットと機体との相互互換試験が行われていた。しかし突然、零号機からシンジへの精神汚染が発生し、零号機は暴走してしまう。憎しみをぶつけるようにモニター室を殴る零号機。その目標はレイなのか、それとも……。